1991 yılında Virginia Üniversitesi İşletme bölümünü bitirdikten sonra Bilkent Üniversitesi’nde 4 yıl süreyle öğretim görevlisi olarak çalıştı.
1995 - 2000 tarihlerinde Sheraton Ankara Hotel & Towers ve Sheraton Voyager Antalya Hotel de Eğitim Müdürlüğü görevinde bulunan Ayken, Brüksel ve Londra’da almış olduğu Değişim Yönetimi eğitimleri sonrasında Sheraton Otelleri Değişim Koordinatörü olarak da görev alıp çeşitli ülkelerde bu konuda eğitimler verdi.
MilSOFT Yazılım Teknolojileri’nde İnsan Kaynakları Müdürü olarak çalıştığı 2000 – 2004 tarihleri arasında, İnsan Kaynakları çalışmalarının yanı sıra şirket süreç ve prosedürlerinin çeşitli kalite modellerine uyumluluk çalışmalarını yönetti.
2004-2018 yılları arasında kariyerine TAV Esenboğa İnsan Kaynakları ve Yönetim Sistemleri Müdürü olarak devam eden Ayken, son yıllarda çalışmalarını İç Denetim, Değişim Yönetimi, Performans Yönetim Sistemi, Yetenek Yönetimi, Koçluk ve Mentorluk üzerine yoğunlaştırdı. Bu çalışmaların yanında yurtiçi ve yurtdışında bireysel ve kurumsal eğitimler veren Ayken, Executive Coaching, Performance Coaching, Coaching, NLP, Hypnose, Psikoloji ve Psikoterapi konularında uygulayıcı ve eğitmen olarak çalışmalarını sürdürdü.
Esra Ayken Temmuz 2018 - Eylül 2020 tarihleri arasında kariyerine Güven Sağlık Grubu İnsan Kaynakları ve Organizasyonel Gelişim Direktörü olarak devam etmiştir.
TİKAV (Türkiye İnsan Kaynakları Vakfı) Danışmanı, PERYÖN İç Anadolu Yönetim Kurulu Başkan Yardımcısı olan Ayken, Arda’nın annesidir.